Aplicación Shiny para crear archivos de entrada PopArt
Si ha necesitado ensamblar el archivo de entrada para PopART, esta aplicación le ayuda a crear los bloques de código y el archivo.
Disponible en: crear archivo PopART
about the app
Aplicación se encuentra disponible en la siguiente url Crear archivo de PopART
Esta aplicación de Shiny facilita la creación de archivos de entrada del programa PopART (Population Analysis with Reticulate Trees; Leigh & Bryant 2015) para la reconstrucción de redes de haplotipos. Para usarlo se necesita un archivo fasta con las secuencias y una tabla con la información de las poblaciones o traits. La tabla debe contener al menos cuatro columnas llamadas: code (nombre único de las secuencias), traits (nombres de la población o traits), lon (longitud en grados decimales), lat (latitud en grados decimales). Los nombres de las secuencias deben coincidir con las de la columna code de la tabla. Por favor cite las referencias relacionadas.
- Nota 1: las coordenadas de las polaciones (o traits) son calculadas como el centroide o el punto medio.
- Nota 2: la aplicación esta hecha para casos particulares y podría generar errores para casos no probados durante su desarrollo. Por lo tanto, se debe revisar detalladamente si el archivo generado contiene la estructura esperada.
- Nota 3: esta versión no incorpora la posibilidad de añadir un bloque con los árboles para inferir redes de parsimonia ancestral (pendiente a incluir).
El resultado final es un archivo nexus (.nex) con los bloques necesarios para elaborar las redes de haplotipos en PopArt.
Desarrollada en R con los paquetes seqinr, ape, y geosphere en Shiny.
En este repositorio de Github ccontiene el código de shiny y función
Rrelacionada.
Referencias
Leigh, JW, Bryant D (2015). PopART: Full-feature software for haplotype network construction. Methods Ecol Evol 6(9):1110–1116.
